バックリンクを調べる場合、Yahoo!の「link:コマンド」と「Yahoo! サイトエクスプローラー」のどちらを利用するかというアンケートを、２週間ほど前に実施しました。
204名の方にご回答いただきました。
ご協力ありがとうございました。m(__)m
結果をお伝えします。
半数以上が、「link:」コマンドを普段使っています。
「“手軽”だから」というのが大きな理由ではないでしょうか。
あとは、サイトエクスプローラー登場以前からSEOをやっている人は、”慣れ”の問題もあるかもしれませんね。
一方、５分の１強が、Yahoo!サイトエクスプローラーをもっぱら利用すると回答しました。
サイト管理者向けに作られたツールなので、精度が高そうというのが理由のようです。
そして、両方使うという回答者が、４分の１近くを占めました。
より綿密にリサーチするなら、両方使うべきでしょうね。
データを比較すれば、両者の違いが見てくるかもしれません。
ただ、どちらの手段も、Yahoo!が認識しているバックリンク情報の完全なデータである保証はありません。
また認識していても、どのくらい評価しているのか、または評価対象になっているかまでは判断できません（上に出てくる方が評価が高そうではありますが）。
コメントにもあったように、最後はウェブマスターとしての“経験と勘”が物を言いそうです。